Proces infekcji chorobowej można podzielić na etapy, z których każdy może być zablokowany przez różne mechanizmy obronne. W pierwszym etapie nowy żywiciel jest narażony na kontakt z cząstkami zakaźnymi rozsiewanymi przez zarażoną osobę.
Ilość, trasa, sposób transmisji i stabilność czynnika zakaźnego poza gospodarzem decyduje o jego zakaźności. Niektóre patogeny, takie jak wąglik, są rozprzestrzeniane przez zarodniki, które są wysoce odporne na ciepło i suszenie, podczas gdy inne, takie jak Ludzki wirus niedoboru odporności (HIV) rozprzestrzenia się tylko przez wymianę ciała płynnego lub tkanki, ponieważ nie są w stanie przetrwać jako czynniki zakaźne – na zewnątrz ciała.
Pierwszy kontakt
Pierwszy kontakt z nowym gospodarzem odbywa się przez powierzchnię nabłonka. To może być skóra lub wewnętrzne powierzchnie śluzówkowe układu oddechowego, układu żołądkowo-jelitowego czy moczowo-płciowego. Po nawiązaniu kontaktu, zaraźliwy intruz musi skoncentrować się na infekcji gospodarza. Wiąże się to z przywiązaniem do powierzchni nabłonka, a następnie kolonizuje ją lub penetruje, aby się replikować w organizmie człowieka.
Wiele mikroorganizmów jest odpychanych na tym etapie przez wrodzoną odporność. Te wrodzone odpowiedzi immunologiczne wykorzystują różne receptory kodowane przez germę do dyskryminacji między powierzchniami komórek mikrobiologicznych gospodarza, lub zainfekowanymi i normalnymi komórkami.
Nie są tak skuteczne jak adaptacyjne odpowiedzi immunologiczne, które mogą pozwolić sobie na więcej ze względu na ich specyfikę antygenów. Jednak mogą one zapobiec infekcjom lub niepowodzeniem, gdy rozwija się adaptacyjna odpowiedź immunologiczna organizmu.